IMAP e POP3 são dois protocolos distintos usados para acessar uma conta de e-mail. Veja abaixo alguns detalhes, vantagens e desvantagens.
IMAP (Porta padrão: 143)
O IMAP permite que você acesse seu e-mail em qualquer lugar, em qualquer dispositivo. Ao ler uma mensagem de e-mail usando IMAP, você não está, na verdade, baixando ou armazenando em seu computador; em vez disso, você está lendo o serviço de e-mail. Como resultado, você pode verificar seu e-mail de diferentes dispositivos, em qualquer lugar do mundo: seu telefone, computador, computador de um amigo.
O IMAP apenas baixa uma mensagem quando você clica nela, e os anexos não são baixados automaticamente. Dessa forma, você pode verificar suas mensagens muito mais rapidamente do que o POP3.
Como a conta IMAP é um espelho da sua caixa no servidor de e-mail, você também é capaz de sincronizar seus e-mails enviados em qualquer lugar que acessar a conta.
Porém, com o tempo, contas IMAP podem ficar bem grandes e será necessário contratar mais espaço para poder armazenar as mensagens.
POP3 (Porta padrão: 110)
O POP3 funciona entrando em contato com o serviço de e-mail e baixando todas as suas mensagens novas. Depois que eles forem baixados em seu computador ou dispositivo móvel, eles serão excluídos do servidor de e-mail. Isso significa que, depois que o e-mail é baixado, ele só pode ser acessado usando o mesmo computador. Se você tentar acessar seu e-mail de um dispositivo diferente, as mensagens que foram baixadas anteriormente não estarão disponíveis para você.
Da mesma forma, o e-mails enviado são armazenados localmente em seu computador ou dispositivo móvel, e não no servidor de e-mail.
A vantagem do POP3 é que o usuário não fica dependente do espaço em disco contratado na hospedagem, podendo usufruir de um armazenamento maior em seu computador ou dispositivo móvel, usando o servidor de e-mail apenas como serviço de transmissão.
Importante: As mensagens de contas do tipo POP3 são armazenadas localmente, logo o backup deve ser gerenciado pelo usuário. As mensagens não ficam armazenadas no servidor de e-mail!